洞庭湖区洪涝灾害的形成，以潜在的自然因素作为发生基础，一是长江中上游流域季节分配不均与地域组合重叠的高强度降水，二是洞庭湖周围平原地势低洼，排水不畅。而围湖垦殖与中上游水土流失等人为因素的迭加与交织作用，加剧了洪涝灾害的频率与强度。
围湖的自然起因是来自荆江及四水的泥沙，平均每年入湖淤积量高达0．984亿立方米，其中82．0％来自长江中上游干流。湖床平均每年淤高3．6厘米，49年平均淤高1．8米，平均每年新增湖洲4000公顷。即每年新增加0．984亿立方米超额洪水。除自然原因外，历史时期，特别近几十年来人类围湖垦殖的结果，使调蓄湖面萎缩到惊人程度。围湖建垸兴起于汉唐，南宋后期已初具规模，明中叶出现了第二个高潮。晚清时，当地农民与来自江西、湖北等地的移民使盲目围垦达到恶性程度。
建国后，为了解决吃饭问题，盲目围垦达到登峰造极的地步，共加修堤垸266个，其中670公顷以上94个，围湖造田及堵支并流等原因导致湖泊面积减少1659平方公里，减少调蓄洪水能力80亿立方米。湖泊水面净减38．1％，湖容净减40．6％。据测算，湖区每围垦100平方公里，可导致城陵矶出口水位提高0．03米。1998年城陵矶最高水位为35．94米，比1954年最高洪水位34．55米高出1．39米，其中围垦导致水位抬高0．5米。
围湖造田的自然起因是泥沙淤积，社会原因是人多地少，“先淤后垦，先垦后围”。根据人多地少的国情与湖区设置蓄洪区的要求，在特定历史条件下适度围湖造田本也无可厚非，大洪水时蓄洪区的运用对保护重点堤垸亦起到了积极作用。但凡事皆有“度”，过犹不及。无论围湖造田历史功绩如何，建国后减少的1659平方公里湖泊面积，直接导致了湖区蓄洪能力减少80亿立方米，是1998年特大洪灾形成的主要原因之一。
经过建国后四十多年发展，湖区工农业总产值已占湖南省1／3，正常年景，粮、棉、油、麻、水产分别占湖南省的28％、83％、42％、85％和51％，与农业有关的加工业———纺织、食品、造纸分别占45％、52％、55％。如此重要的农产品生产基地，怎能把2000余平方公里围垸简单地恢复到天然湖泊状态？建议对湖区分蓄洪能力及其潜在空间、围垦状况、防洪工程、人口及社会经济发展状况进行详查，作出科学分析评价。在此基础上根据分蓄洪要求与实现的可能性，制订退田还湖还蓄（洪区）规划。初步研究有20％—30％的围垦区应逐步还湖还蓄。
从现实江湖形势出发，行蓄洪区、低洼地带被洪水冲溃的不再恢复的堤垸，政府不应安排水毁工程资金与原地重建补助费，鼓励灾民迁出原地，适当集中建镇。对现在仍处于天然状态的湖泊、洲滩，原则上禁止再度围垦。对垦殖率超过60％以上，保收程度高，且对行洪无大障碍的围垦垸区，进一步提高防洪标准，加强水利建设。而对新建围垸垦殖率低于40％与明显有碍行洪的24个围垦蓄洪垸区，原则上应退田还湖。可分成退田还湖还蓄后正常年份可继续种植和弃耕从渔二种不同还湖措施与利用方式：一是将现在非蓄洪性质的围垦，调整为蓄洪性质的围垦，将聚落迁至附近丘岗地、高台堤，或在较大围垸区内建安全岛（台）、安全楼、紧急转移公路等蓄洪安全设施和通讯报警系统，正常年份进行垦殖生产，较大洪水年份则用来蓄洪。一般情况下，分蓄洪区调蓄作用相当于天然湖泊的5倍，即1公顷分蓄洪区作用相当于5公顷湖泊的调蓄作用。如果把现在蓄洪区的堤垸刨毁，简单地退回湖泊，在大洪水时其调蓄作用肯定不如作为分蓄洪区并适时运作的作用更为明显，况且特大洪水几十年一遇，其它年份让其闲置亦不符合国情。二是对那些临近江湖、地面高程又常年低于江湖水位、屡次出险、容易决堤的堤垸完全退田还湖治理。以湖田丰歉得失与生态效益为标准，对近10年间有50％以上年份受灾、种植上得不偿失的低湖田及受涝渍3—4个月并对防洪产生明显负面影响的湖滩，应率先退田还湖，弃耕从渔。将其原来封闭的围垦种植，改造成为半封闭型（建有水闸）控制工程的筑垸养殖，这样既可确保湖泊水面利用率在10％以上，留湖调蓄，又能获得精养之高效。
洞庭湖区的开发史，实际上是一部围湖垦殖史。由于对湖区人口承载能力与环境容量缺乏清醒认识，建国后在区内人口增长失控的同时，还接纳了数万名来自柘溪水库等库区的水利工程移民，并新建了15个县级国营农场，安置城镇下放人口及部分劳改、劳教人口，他们不得不靠围湖筑垸来获得足够的耕地。目前，洞庭湖人口密度已达373人／平方公里，较湖南省平均水平高23．5个百分点，但城镇化水平为17．7％，比全省平均水平低0．8个百分点。根据近年来对西南喀斯特环境恶化的贫困地区所做的调查，72％生活在环境恶化地段的人口愿意迁往资源相对丰富、生态条件较好的区域生活。已异地安置的19万移民中，94．5％左右能在新区安居乐业，仅有5．5％的人口因劳动强度大、民族或治安纠纷等原因返回迁出区生活。这一经验对洞庭湖蓄洪区内人口安置与聚落布局具有借鉴价值。
规划分蓄洪区内尚有24个堤垸，居住有250万需迁移的农业人口。为缓解人口对土地、湖泊的压力，环境移民小城镇安置、农业与工商业就业并举是一条可行的路子。蓄洪区内农民聚落迁出后，大洪水时就可按计划分洪。小城镇建设可推动农村经济结构调整，改变居住分散和农产品加工业形不成规模的状况，有利于引导农民改变生活习惯，推动农村社会发展。如为移民提供清洁卫生的饮水及教育、卫生等基础设施服务；城镇作为新的经济增长点，将会拉动区域农业、商业、加工业、服务业的发展。因此，提高农村城镇化水平是改善湖区生态环境与实现农村现代化的必由之路。中央已决定对迁出蓄洪区与洪道移民建镇的农户每户补助1．5万元建房资金，地方政府亦应在户籍、土地、投资等方面制定优惠政策，帮助修建道路、水、电等公共基础设施，减收或免征土地使用费。移民聚落转移后可留出16万公顷土地作为大洪水时蓄洪与还湖区域。
根据生态工程原理与湖区湿地景观结构，把地理学研究空间关系与生态学研究结构功能所用方法结合起来，进行适应洪涝灾害发生规律的避洪、耐渍适应型景观生态设计，分别建立适应浅水水体、过水湖洲和低湖渍害田的多种复合高效生态工程模式：①中小水面分层混养模式；②外湖、哑河网箱或流水围栏精养模式；③野生植物生态观赏园模式；④池塘鱼、猪、禽复合模式；⑤高洲、原有溃堤以林为主的林、草、鱼、禽综合模式；⑥中高洲以芦苇为主的芦、林、鱼综合模式；⑦低草洲季节性牧草为主的禽、畜开发模式；⑧涝渍低湖田稻、林、鱼、油共生模式；⑨水源充足稻田稻、鱼、麻共生复合模式。
为避开7月中下旬特大洪涝易发期，可选择特早熟早稻品种，并用温室育秧办法提早插下，在7月上旬收获；将6－7月被淹频率高、暂无法退田还湖的低湖田耕作制度由目前的“稻、稻、油”三熟制改为“麦、稻”或“油、稻”两熟制，让低湖田在高水位期间休耕，若不遇洪水，亦可种植一些周期短的蔬菜，形成“避洪农业”。此外，低湖草洲牧草丰茂，平均每公顷可载鹅77羽，还有丰富的水产下脚料、贝壳粉等，可发展速生的鸭、鹅等水禽，采用小群放养方式，9月下旬草洲复出时始养，春节前即可出售，翌年2－5月可再养一批，并在洲草旺盛季节割草加工成干粉或青贮，以解决部分鸭、鹅在汛期草洲被淹没时饲料问题。
从流域全局来看，退田还湖属于“治标不治本”的有限措施。退田还湖后，由于还湖地面较高，芦柳生长迅速，致使携带大量泥沙的洪水流速减缓，淤积更为严重。必须采取中上游以蓄为主，中下游以泄为主的综合治理原则，通过重建山区植被与调整丘岗区土地利用结构，拦蓄暴雨径流与泥沙。以长江上游山区宜昌太平溪小流域治理为例，1983年至1992年间流域径流量减少18．9％—25．8％，产沙量减少45．0％—74．1％，土壤田间持水量提高25．85—33．9％，洪峰峰值降低22．6％，枯水期补给河流能力提高7％。
但山地森林破坏导致的水土流失量仅占1／3左右，量大、面广的水土流失发生在综合开发潜力大、人类垦殖活动频繁、环境较为脆弱的丘陵坡地。因此，治理水土流失的关键是建立上中游，特别是四川盆地丘陵区土壤、作物、耕作措施有机结合的水土保持型土地利用格局。
根据对长江中上游山地丘陵综合治理效应进行平均测算，每治理1平方公里水土流失面积可增加蓄水能力5万立方米，减少土壤流失3000吨，减少地表径流量10％，滞洪消峰20％，增加枯季水量7％。如能对现有56万平方公里水土流失面积全部实施整治，拦蓄水量能力将提高280亿立方米／年，减少泥沙14亿吨／年。因此，调整中上游山地丘陵土地利用结构，把25度以上坡耕地退耕还林，25度以下坡耕地建成有水土保持措施的梯土，重建植被，是延缓暴雨径流过程与减少入湖泥沙淤积量的根本措施。
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